Ustalono ostatecznie, iż łącznie, w wyniku czterech zamierzonych katastrof lotniczych, w zamachu zginęły 2973 osoby[2], w tym sześciu Polaków, nie licząc 19 porywaczy i 26 osób nadal oficjalnie uznawanych za zaginione.
W zamachu zginęło sześcioro Polaków: Maria Jakubiak, Dorota Kopiczo, Jan Maciejewski, Łukasz Milewski, Anna Pietkiewicz, Norbert Szurkowski (syn Ryszarda Szurkowskiego). W pierwszą rocznicę zamachu odsłonięto w Parku Skaryszewskim w Warszawie płytę poświęconą ich pamięci.
Bardzo duże straty poniosły służby miejskie, głównie straż pożarna i policja – w trakcie akcji ratunkowej poległo ponad 300 funkcjonariuszy. Ostateczna liczba ofiar jest o 40 osób mniejsza w stosunku do poprzedniej wersji, która już znalazła się w niektórych encyklopediach. Ustalając liczbę ofiar i ich tożsamość, po raz pierwszy w historii posłużono się na masową skalę badaniami materiału genetycznego, które były praktycznie jedynym sposobem identyfikacji szczątków ofiar.